NeuroTux Assistent Uni Essen

Segmentierung Gesamter Cortex

Vorbereitung

Stellen Sie sicher, daß Sie einen gefilterten Datensatz geladen haben. Sie können auch eine andere Segmentierung als Basis verwenden. Die Markierungen werden im ersten Schritt automatisch gelöscht.

Stellen Sie Helligkeit und Kontrast so ein, daß auch dunkle Bereiche grau erscheinen, damit Sie die Schwellwertmarkierung gut erkennen können.

Schwellwert wählen

Wählen Sie nun den Schwellwert für die Helligkeit des Cortex. Typische Werte liegen im Bereich von 44-49.
Schwellwert:

Stellen Sie Helligkeit und Kontrast so ein, daß auch dunkle Bereiche grau erscheinen, damit Sie die Schwellwertmarkierung (rot) gut erkennen können.

Betrachten Sie, ob das Ergebnis Ihren Wünschen in etwa entspricht. Wählen Sie ggf. einen anderen Wert und drücken Sie erneut "OK".

Distanzfeld erzeugen

Klicken Sie nun hier, um das zum Füllen nötige Distanzfeld zu erzeugen.

Füllen

Parameterwahl

Sie werden gleich den Cortex füllen.
Der Vorgang ist vergleichbar mit dem Auffüllen eines Hohlraumes mit einer zähflüssigen Masse. Je niedriger die Zähigkeit, desto weiter fließt die Masse in schmale Ritzen, aber desto leichter läuft sie auch aus.
Nachdem die Masse "erstarrt" ist, fließen die Enden noch einmal "nach", um schmale Enden zu füllen. In der Regel ist der Defaultparameter 1 hier in Ordnung.
Zähigkeit:
Nachfließen:

Füllen

Zeigen Sie im Fenster Planes_XY irgendwo auf das Cortexgewebe und drücken Sie die Taste F9, um den Füllvorgang auszulösen.

Wiederholen Sie den Vorgang solange, bis Sie glauben, alle relevanten Teile gefüllt zu haben. Blättern Sie dabei auch durch die Schichten und benutzen Sie die anderen Ansichten, um sicherzustellen, daß Sie nichts übersehen.

Sie können mit der Taste F12 die Markierung zurücknehmen, wenn Sie einen groben Fehler gemacht haben. Kleinere Fehler können Sie auch später einfach korrigieren. Mit der Taste F11 können Sie einzelne Bereiche "sichern" - diese werden dann von F12 nicht mehr angerührt.

Nachbearbeitung

Klicken Sie nun hier, um den gefüllten Cortex aus der Maske zu lösen.

Wählen Sie die Farbe grün (2) aus dem Fenster NeuroTuxColorize, um kleinere Korrekturen zu machen.
grün (2)
grau (0)
Halten Sie die linke Strg-Taste fest und zeichnen Sie mit gedrückter linker Maustaste Areale ein, die nicht automatisch markiert wurden.
Schalten Sie mit den Links oder dem Fenster NeuroTuxColorize zwischen grün und grau um, um fälschlich markierte Bereiche zu löschen.

Größere Bereiche können Sie wie gewohnt mit Strg-linke Maustaste umfahren und mit Strg-mittlere Maustaste füllen.
Seien Sie vorsichtig mit der Verwendung der mittleren Maustaste. Stellen Sie sicher, daß das Gebiet, das Sie füllen wollen, wirklich klar vom Rest der Schicht getrennt ist. Verwenden Sie ggf. eine andere Farbe zum Test - dann kann weniger passieren.

Nutzen der 3D-Darstellung


 Die 3D-Darstellung zeigt oft kleine Fehler übersichtlich an. Benutzen Sie sie, um Fehler zu lokalisieren und verwenden Sie dann den Button Jump im Fenster NeuroTuxOptions, um zu dieser Stelle zu springen.
Auffrischen
Die Änderungen sind nicht immer sofort in der 3D-Darstellung sichtbar (dazugekommene Voxel fehlen). Um sie sichtbar zu machen, klicken Sie hier.

Fertig.

Klicken Sie nun auf "Voxelzahl" und anschließend auf "Speichern", um die Zahl der Voxel im Cortex zu bestimmen und das Ergebnis als "gescor_[Schwelle].3d32.gz" abzuspeichern.

Voxelzahl: ---
Speichern

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